Segan Sonic Team on ilmoittanut sulkevansa Phantasy Star Onlinen GameCube-serverit Japanissa. Syynä tähän on se, että vanhat systeemit PSO:ssa halutaan korvata uusilla ja kehittyneemmillä. Kyseinen uudistus vaikuttaa eurooppalaisiin pelaajiin hyvin vähän, sillä ainoa uusi asia on se, että japanilaisten pelitovereiden kanssa pelaaminen on valitettavasti mahdotonta.

Päivityksen myötä japanilaisten kanssapelaajien tulee vaihtaa vanhat PSO-levynsä uusiin. Uuden pelin saaminen tulee mahdolliseksi 26.03.2004, jonka jälkeen vanhaa versiota ei enää tunnisteta Internetissä pelattaessa. Toistaiseksi ei ole tietoa, miten asian suhteen menetellään eurooppalaisten pelaajien kanssa, mutta ajatellessa PSO:n nettipelaamisen epävakautta on sanottava, että päivitys on paikallaan.