Elämä Belkhydessä jatkuu sodasta sotaan. Vuosikymmenien erimielisyydet kuninkaallisen imperiumin ja kapinallisten välillä on rappeuttanut maan. Belkhydessä Mana ja alkemistit elävät vain legendoissa ja kansantaruissa. Taivaalla, ihmisten saavuttamattomissa leijuu Eden, jossa Mana ja alkemistit elävät edelleen harmoniassa.

Eden ja Belkhyde elivät ennen sulassa sovussa kunnes koitti suuren katastrofin aika. Edeniläiset irtaantuivat Belkhydestä, peläten siellä eläviä ihmisiä ja hirviöitä. Chaos kuitenkin turvaa alkemiaan pelastaakseen siskonsa ja jäljelle jää kaksi orpoa, Felt ja Viese. Heidän tehtäväkseen jää pelastaa Eden tuholta. Pystyvätkö he pysäyttämään Chaoksen?

Pelaajan tehtäväksi jää tässä roolipelissä Edenin pelastaminen ja Chaoksen pysäyttäminen. Pelaa välillä Feltillä ja välillä Viesellä yhdistääksesi heidän voimat ja pelastaaksesi Edenin!

• Edellisistä Aterlier Iris -peleistä poiketen taistelu on nyt aktiivista aikataistelua, eli nopeampaa ja kiivaampaa, kun vanhoissa Atelier Iris -peleissä se oli vuoropohjaista
• Pelissä käytetään mm. puu-, kukka- ja salama-Manaa. Manan avulla luodaan uusia esineitä ja taikoja
• Elementtien uuttaminen on vanha alkemian haara, jota hyväksikäyttäen Felt ja Viese voivat käyttää erilaisia aseita ja taikoja
• Esinesynteesin (Item synthesis) avulla esineitä voi yhdistää toisiinsa uusien esineiden tekemiseen. Mitä enemmän esineitä tekee, sitä enemmän saa uusia aseita
• Ainutlaatuisen voimanlatausjärjestelmän ansiosta hahmot voivat tehdä taistelussa mahtavia erikoisliikkeitä, jotka joko palauttavat voimia tai laukaisevat erikoishyökkäyksiä
• Atelier Iris 2:ssa pelaaja ohjaa kahta päähahmoa: Felt hoitaa taistelut Belkhydessä ja Veise tukee Feltiä Edenistä käsin Manaesineillä.