NARUTO: Ultimate Ninja STORM vie eteenpäin Ultimate Ninja sarjan taistelupelikonseptia mahdollistamalla taistelut mahtavissa 3D-ympäristöissä. Pelaajat käyttävät tehokkaita jutsu-hyökkäyksiä, suorittavat akrobaattisia väistöliikkeitä ja jopa juoksevat seinillä ja veden päällä kamppaillessaan vastustajansa kanssa ninja-herruudesta. Pelaajat voivat räätälöidä pelihahmojensa kamppailutyylin ja rekrytoida yksi tai kaksi tukihahmoa mukaan toimintaan. Jokaisella pelihahmolla on kyky vapauttaa voimakkaat Awakening-kyvyt tietyissä peliolosuhteissa, mikä tuo uusia kykyjä ja taitoja pelin vaikuttavaan animaatiosarjasta poimitun 25 suositun ninjahahmon valikoimaan. NARUTO: Ultimate Ninja STORM tukee enintään kahden pelaajan head-to-head multiplayer taisteluita.

NARUTO: Ultimate Ninja STORM pelissä pelaajat voivat eläytyä NARUTO:n maailmaan ja peli esittelee aivan uuden free-roaming-tilan Piilotetun lehden kylää ja Kuoleman metsää tutkittaessa. Pelaajat voivat tutkia peliympäristöt sentti sentiltä ja suorittaa yli 100 erilaista tehtävää, kerätä arvokkaita kirjoituskääröjä ja olla tekemisissä muiden NARUTO-animaatiosarjan hahmojen kanssa. Tehtävät jotka tuovat lisävaihtelua pelin "mies miestä vastaan" -taisteluille käsittävät kilpailuja, kuljetustehtäviä ja suuren mittakaavan taisteluja jättivastustajia vastaan.

NARUTO: Ultimate Ninja STORM pelissä uuden sukupolven grafiikkakone tuottaa PLAYSTATION 3 järjestelmässä perinteisen piirrosanimaation ylittävää korkean resoluution grafiikkaa, eloisaa animaatiota, huikeita visuaalisia yksityiskohtia sekä edistyneen kasvonilmejärjestelmän. Uusi tekniikka, joka toistaa suosikkianimaatiosarjan ympäristöt, hahmot ja erikoistehosteet, mahdollistaa pelaajien osallistumisen NARUTO:n maailmaan ennennäkemättömällä tavalla.