Vastapalveluksena Ape Escape (Japanissa Piposaru) -apinoiden esiintymisestä Metal Gear Solid 3:ssa, saa Ape Escape 3 vaikutteita MGS-sarjasta. Yksi minipeleistä on Mesaru Gear Solid (saru = apina), jossa armeijan erikoisjoukkoapinat ovat varastaneet Metal Gearin. Lunnaiksi vaaditaan 10 miljardia banaania 72 tunnin sisällä tai muuten ase otetaan käyttöön. Luonnollisesti Solid Snake kutsutaan apuun, mutta herraa ei löydykään mistään.
Eversti Roy Campbell kutsuu apuun vanhan koulukaverinsa, professori Hakasen Ape Escape -sarjasta, joka järjestää avuksi Snaken taktisilla tiedoilla varustetun apinan, Piposnaken. Piposnaken roolissa pelaaja käy läpi MGS-henkisiä tehtäviä etsiäkseen Metal Gearin ja vapauttaakseen vangituksi joutuneet apinatoverinsa.
Japanissa Ape Escape 3 julkaistaan heinäkuussa.
