Ubi Soft on ilmoittanut, ettei GameCuben Splinter Cell: Pandora Tomorrow tue muiden kotikonsoliversioiden tapaan moninpeliä. Ikään kuin korvaukseksi Cubella nähdään muutamia ominaisuuksia, joita ei ole pelin muissa versioissa. Ensinnäkin edeltäjänsä tapaan linkittämällä Pandora Tomorrowin Game Boy Advance ja GameCube –versiot, peleihin avautuu muutamia lisäominaisuuksia. Cubella Game Boy Advance toimii tutkana, ja mahdollistaa erilaisten vempainten kuten tietokoneiden kauko-ohjauksen. Taskukonsoliversioon taasen avautuu kahdeksan uutta kenttää, kunhan GameCube-version tehtävät on läpäissyt. Edellä mainittujen ominaisuuksien lisäksi Cuben Pandora Tomorrowissa nähdään seuraavat ominaisuudet: