Metal Gear Acid 2 yhdistelee edeltäjänsä tapaan korttistrategiaa taktiseen hiiviskelyyn ja uudet kortit lisäävät taktikointia entisestään. Myös pelin käyttöliittymä on uusittu kontrollien parantamiseksi ja pelaamisen nopeuttamaiseksi. Uusi sarjakuvamainen ulkonäkö on saatu aikaan käyttämällä cel-shadingia yhdessä perinteisten tekstuurien kanssa.
Luvassa on myös langatonta yhteistoimintaa PlayStation 3:lle luvatun Metal Gear Solid 4:n kanssa, joten MGA2:n julkaisua saatanee odottaa vielä jonkin aikaa.