Jak 3:n tarina alkaa, kun Jakia syytetään virheellisesti Haven Cityä kohdanneesta kaaoksesta ja Jak häädetään Daxterin ja Peckerin kanssa kaupungista. Vaelleltuaan aikansa aavikolla, joukkio kohtaa muita kaupungista häädettyjä ja heidät ohjataan Spargus Cityyn, joka on Haveniin verrattuna pieni kylä ilman modernia teknologiaa. Spargus Cityssä ei ole myöskään lakia, eikä vartijoita.

Vaikka Spargus City onkin pieni, on pelialue kuitenkin viisi kertaa edellistä laajempi ja suuri osa pelistä tapahtuu edelleen sodan runtelemassa Haven Cityssä ja sen ympäristössä. Isolla alueella tarvitaan tietysti kulkuneuvoja ja sellaiseksi löytyy mm. liskoja, jotka pystyvät hyppäämään korkealle ja lentämään lyhyitä matkoja, sekä aseilla varustettuja "rantakirppuja".

Jak 3:ssa on käytössä samat neljä asetta kuin edellisessäkin pelissä, mutta kaikkia voi päivittää tehokkaammiksi, tosin tällöin ammuksetkin kuluvat nopemmin loppuun. Isommaksi ja vahvemmaksi Dark Jakiksi muuttumisen lisäksi Jak voi nyt muuttua myös Light Jakiksi, joka voi siipien avulla liitää pitkiä matkoja ja jota suojaa energiakenttä.

Kauppoihin Jak-sarjan viimeistä peliä odotellaan ensi jouluksi.