Metroid Fusionin Japani-versiossa reilusti parannuksia
Ensinnäkin pelissä on uusi Gallery Mode, josta löytyy luonnostelukuvia ja muita taidekuvia pelistä. Kuvia aukeaa pelin edetessä. Toiseksi pelissä tulee olemaan huomattavasti enemmän erilaisia loppuja kuin muissa versioissa, joissa näitä on 5 kappaletta.