E3-messuja odotellessa Ubisoft ilmoitti virallisesti Prince of Persia -sarjan saavan jatkoa ensi syksynä PlayStation 2:lle, Xboxille, GameCubelle ja PC:lle. Seuraavan pelin tarinan luvataan vetovan niin Sands of Timen kuin Warrior Withininkin ystäviin.
Prinssimme palatessa Kaileena-rakkaansa kanssa kotiin Babyloniaan, onkin sodan repimä kuningaskunta kääntynyt häntä vastaan. Kaileena uhraa itsensä pelastaakseen vangitun prinssin, joka takaa-ajettuna huomaa vapauttaneensa aikaisemmissa taisteluissaan tappavan Tumman prinssin, jonka henki saa hänet vähitellen valtaansa.
Pelattavana on siis tavallaan kaksi hahmoa, joilla on erilaiset taistelutyylit, asenteet ja historiat. Pelaajalla on edelleen myös mahdollisuus itse vaikuttaa tapaansa taistella ympäri Babyloniaa. Mukana on tietenkin myös ajan manipulointia uusilla ominaisuuksilla.
