MGS3: Subsistencen verkkopelissä voi valita joukkueissa pelattavan Team Battlen tai kaksinpelattavan Snake and Enemy -pelimuodon, jossa toinen pelaaja yrittää estää Snakea suorittamasta tehtävää. Subsistencen kaikkiin pelimuotoihin on lisätty uusi vapaasti liikuteltava kamera, jonka laajempi kuvakulma helpottaa vihollisten huomaamista ja antaa aikaa valmistella seutaavaa hiiviskelyliikettä.
Kaikkien rakastamaan Snake vs. Monkey -pelimuotoon on lisätty uusia tasoja ja koko pelin läpäisy avaa uusia muotoja, kuten Duel Mode, jossa pelataan uudelleen pomotaistelut ja Demo Theater, jossa Snake esiintyy välivideoissa pelaajan valitsemassa maastoasussa ja kasvomaalissa. Peep Show muuttaa Snaken tirkistelijäksi, joka pääsee tutustumaan entistä tarkemmin Evan hahmomallinnukseen.
Bonuksena levyltä löytyvät aikoinaan Japanissa MSX2-pelikonsolille julkaistu ensimmäinen Metal Gear ja sen jatko-osa Metal Gear 2: Solid Snake. MGS3:n tapahtumathan sijoittuvat 60-luvulle, aikaan ennen ensimmäisiä pelejä, joten nyt pelaajat pääsevät seuraamaan, miten tarina jatkuu.
