3DS:n Pikmin peli poikkeaa kovasti kotikonsolien Pikmin peleistä. Tässä ei ole vapaasti tutkittavaa aluetta, josta täytyy paeta iltaan mennessä, vaan tässä on tasohyppelypelimäisiä kenttiä, joissa ei ole aikarajaa. Kentissä pikminit kerätään mukaan matkan varrelta, eikä kentän alussa tarvi miettiä että mitä pikminejä ottaa mukaan tällä kertaa.

Yoshi klaani saa hoidettavakseen haikaran tuoman Mario vauvan. Luigi vauva on hukassa ja Yoshit lähtevät etsimään. Mario tulee Yoshin selkään mukaan retkelle.

Pelin tarinassa Dorothy niminen robotti etsii ykkösosan sankaria, Rustyä. Peli on metroidvania, jossa Dorothy saa koko ajan uusia kykyjä pelin edetessä. Peli on metroidvaniaksi melko suoraviivainen, eli vanhoja alueita ei tarvi tutkia niin tarkkaan uusien reittien etsimiseksi. Aarteen etsinnässä uusista kyvyistä voi olla apua.

Tämä on Ace Attorney trilogian toinen osa. Peli on genreltään visual novel ja päähenkilö on asianajaja, jonka pitää tietysti voittaa oikeusjuttu asiakkaan hyväksi. Tässä ei tarvitse tietää mitään oikean elämän lainopeista jotta voisi pelata tätä. Syytetty on syyllinen kunnes toisin todistetaan ja jos tuomaria ärsyttää liikaa, niin hän julistaa tuomion ja tulee game over. Tuomari ärsyyntyy jos yrittää seikkailupelimäisesti kokeilla kaikkea kaikkeen. Joskus yksikin virhe on liikaa.