Ihmiskunnalla on 2180-luvulla paljon pohdittavaa. Se on jo joitakin vuosikymmeniä ollut osa laajempaa, galaktista yhteisöä. Ihmiskunnan sisäisten riitojen ja jännitteiden ohella soppaa hämmentävät eri rotujen ja planeettojen väliset suhteet. Ihmiset ovat muukalaisten silmissä vielä pelkkiä keltanokkia ja ehkä aavistuksen uhkaaviakin. Toisaalta he haluavat näyttää muille pärjäävänsä Linnunradalla enemmän kuin hyvin. Vuonna 2183 eräs ihmisyksilö saakin oman näytönpaikkansa, kun rutiinitehtävältä vaikuttava operaatio käynnistää huimaavien tapahtumien sarjan.

Edenistä itään

Komentaja Shepard matkustaa SSV Normandyn kyydissä kohti Eden Prime -siirtokuntaplaneettaa, toimeksiantonaan poimia sieltä muinaisten muukalaisten, prothealaisten, jälkeensä jättämä laite. Aluksen sekalaiseen seurakuntaan kuuluu myös kokenut turiaaniagentti, Nihlus Kryik, jonka todellisena tarkoituksena on valvoa ja arvioida komentajan suoriutumista tehtävästään. Nihlus on osa galaktisen neuvoston palveluksessa toimivia Spectre-erikoisjoukkoja. Ihmiskunnan tavoitteena olisi leipoa Shepardista ryhmän ensimmäinen ihmisjäsen. Kaikki ei tietenkään suju suunnitelmien mukaan, sillä Eden Prime joutuu salaperäisen yllätyshyökkäyksen kohteeksi juuri ennen kuin Normandy saapuu paikalle. Siirtokunnan yllä leijailee pahaenteinen, tunnistamaton avaruusalus.

Shepard laskeutuu maihin yhdessä kahden ihmissoturin kanssa, kun taas Nihlus lähtee vaeltamaan omillaan niin kuin vain Spectre voi. Pinnalla he kohtaavat vihamielisen geth-konerodun taistelijoita. Toinen Shepardin tiimikavereista kaatuu välittömästi tulikasteessa, mutta hänelle löydetään kauniimpi korvaaja sopivasti nurkan takaa. Pian ryhmä saa kuitenkin syitä uskoa, että kartalta kadonnut Spectre-agentti Saren Arterius on surmannut Nihluksen. Shepard taistelee tiimeineen kohti prothealaislaitetta torjuen matkalla geth-hyökkäykset ja pelastaen samalla siirtokunnan täystuholta. Komentaja aktivoi kuitenkin vahingossa muukalaisvehkeen. Hän kokee toistaiseksi selittämättömiä näkyjä ja lentää tajuttomana kanveesiin.

Shepard herää myöhemmin Normandyn lääkintäkannelta, kun alus on matkalla kohti galaktisen neuvoston tukikohtaa, jättimäistä Citadel-avaruusasemaa. Komentaja ei vieläkään saa selkoa kokemiinsa näkyihin, mutta hän on tiimeineen vakuuttunut Sarenin petturuudesta. Neuvosto ei kuitenkaan usko ihmisten esittämiä syytöksiä ilman kouriintuntuvia todisteita – niiden hankkiminen jää Shepardin tehtäväksi. Mahtavien maisemien ihmettelyn ohella komentaja ehtii tutustumaan yhteen jos toiseenkin mielenkiintoiseen henkilöön. Osa näistä värväytyy auttamaan Shepardia, kun tämä lähtee metsästämään nuorta quarialaista, Tali’Zorah nar Rayyaa, jonka uskotaan pitävään hallussaan raskauttavia todisteita Sarenia vastaan. Hyvikset saapuvat paikalle parahultaisesti, kun entisen Spectre-agentin kätyrit kutittelevat jo quarialaisen leukaperiä salamurha mielessään.

Quarialaisen kaupittelemalla tallenteella kuullaan, kuinka Saren juonii yhdessä tunnetun asarin, matriarkka Benezian, kanssa. Neuvosto hyväksyy todisteet ja vakuuttuu Shepardin osaamisesta siinä määrin, että tälle myönnetään Spectren asema. Hänen hölinöitään sivilisaatioita aamupalakseen nauttivista tappajakoneista ei kuitenkaan oteta vakavasti – vielä. Kokenut kapteeni Anderson saa luvan astua syrjään Normandyn ohjaksista ja antaa aluksen Shepardin haltuun, jotta hän voi lähteä seilaamaan pitkin poikin galaksia metsästäessään Sarenia ja suorittaessaan epämääräisiä sivutehtäviä milloin missäkin.

Galaksin raitilla kuljetaan

Shepardin käteen lyödään kolme johtolankaa, joita hän lähtee tutkimaan. Therumilta komentaja löytää Liara T’Sonin, asarien mittapuulla nuoren tiedenaisen, joka auttaa tulkitsemaan muinaisen laitteen suomia näkyjä. Shepard alkaa pikku hiljaa vakuuttua, että kyseessä on edesmenneiden muukalaisten jättämä varoitus mahtavan konerodun hyökkäyksestä. Osa viestistä jää edelleen hämärän peittoon. Feroksella gethit ovat puolestaan hyökänneet prothealaisia raunioita tutkivan retkikunnan kimppuun. Shepard törmää planeetan pinnan alla piileksivään jättimäiseen kasviin, joka kykenee hallitsemaan muita eliöitä. Pian selviää, että myös Sarenin Sovereign-lippulaivalla on samanlaisia kykyjä. Lisäksi komentajalle annetaan näkyjensä tulkitsemiseen tarvittava avain, mutta viestistä ei vieläkään saada tolkkua. Hyisellä Noverialla Shepard torppaa kumoon pahisagentin suunnitelmat jättimäisen rachni-armeijan rakentamisesta ja teilaa T’Sonin äidin, matriarkka Benezian. Epäilykset Sovereignin mielenhallintakyvyistä saavat siinä sivussa lisää tukea.

Vahvistettuaan tiimiään ja tietojaan Sarenin suunnitelmista Shepard saa kuulla pimeyden poluille eksyneen agentin salaisesta tukikohdasta Virmirellä. Kun neuvosto jälleen arpoo ja pelkää galaktisten konfliktien sytyttämistä, Normandyn nokka käännetään oitis kohti kyseistä planeettaa. Paikan päällä odottavat salarialaiset tietävät kertoa, että Saren suunnittelee tällä kertaa kroganien syntyvyyden parantamista ja jälleen murskaavan ylivoimaisen dinosaurusarmeijan rakentamista. Tutkimuslaitoksen tuhoaminen ja rotunsa pelastuksen riistäminen risoo Wrexiä. Shepard voi joko kääntää tämän pään tai pistää hänet kylmäksi ja tarhoilla lihat varreneille, jotta hyökkäys tukikohtaan voi alkaa.

Shepard joutuu luovuttamaan ryhmästään joko Kaidan Alenkon tai Ashley Williamsin yhteyshenkilöksi salarialaisten tueksi. Ryhmät räiskivät tiensä halki tukikohdan puolustusten, kunnes Shepard päätyy pahaenteisen synkkään huoneeseen, josta he löytävät tutunoloisen prothealaisvehkeen. Laite antaa komentajalle ikävän tuttuja näkyjä. Lisäksi he saavat puolivahingossa yhteyden Sovereigniin, joka paljastuukin jättimäiseksi, itsestään tietoiseksi koneeksi. Sovereign kuuluu niin sanottuun reaper-konerotuun, joka hävitti muinaiset prothealaiset galaksikartalta noin 50 000 vuotta sitten. Pian olisi myös ihmiskunnan vuoro, sillä sama tuhon sykli on toistunut yhä uudelleen ja uudelleen. Tästä myös Shepardin kokemat näyt pyrkivät varoittamaan. Pitkin Linnunrataa ripotellut Citadelin kaltaiset laitokset ovat osa viikatemiesrobottien suunnitelmaa – ne pystyvät näin ohjaamaan galaktisen yhteisön kehittymistä haluamaansa suuntaan. Sovereignin tehtävänä on väijyä ja valmistella hyökkäystä, kun aika on kypsä.

Valaisevan rupattelutuokion päätyttyä Sovereign suuntaa kiertoradalta takaisin kohti tukikohtaa. Shepard ryhmineen kiirehtii asettamaan ydinasetta laitoksen räjäyttämiseksi, kun taas toinen ryhmä häiritsee ilmatorjuntaa, jotta Normandy voi koukata noutamaan heidät taistelukentältä. Kun pommia ollaan asentamassa, alkaa paikalle puskea vihollisvahvistuksia. Shepardin täytyy tehdä päätös: hän voi pelastaa joko Kaidanin tai Ashleyn, ei molempia. Valinnasta riippumatta komentaja joutuu nokittain Sarenin kanssa. Karismaattinen agentti selvittää Shepardille, kuinka hän antaa orgaaniselle elämälle mahdollisuuden selvitä ja elää koneherrojaan palvellen – näin pitäisi käydä myös getheille, jotka suorastaan palvovat Sovereignia. Ihmissankari ei kuitenkaan usko pahiksen puheita. Hän epäilee Sovereignin manipuloivan Sarenia, joten kaksikko ryhtyy tulitaisteluun. Shepardin hengenlähtö liippaa jo läheltä, kun Saren tarttuu häntä kraivelista kiinni, mutta lopulta molemmat pakenevat paikalta. Normandyn liihottaessa pois Virmiren ilmakehästä ydinpommi räjäyttää tutkimuslaitoksen taivaan tuuliin, vieden Kaidanin tai Ashleyn mukanaan.

Ilosta uneksitaan

Liaran poimiminen mukaan palkitaan vihdoinkin, kun nuori asari onnistuu paikantamaan Shepardin näyistä Sarenin himoitseman ”Conduitin”. Komentaja ei ole joukkoineen vielä oikein selvillä, mikä tuo Conduit käytännössä on (ei ainakaan Wiille julkaistu räiskintäpeli), mutta se sijaitsee joka tapauksessa Iloksella. Shepard ilmoittaa asiasta neuvostolle ja vaatii näitä lähettämään kokonaisen laivaston Sarenin perään, syvälle kriminaalien ja terroristien hallitseman alueen uumeniin. He eivät kuitenkaan halua riskeerata täysimittaista sotaa yhden komentajan näkyjen pohjalta. Paskamaiseksi jätkäksikin kuvailtu ihmiskunnan lähettiläs Udina myötäilee neuvoston kantaa ja lukitsee Normandyn satamaan. Hienona miehenä tunnettu kapteeni Anderson on kuitenkin valmis lätkäisemään lähettilästä turpaan ja ohittamaan lukitukset. Shepard pakenee ryhmineen Citadelilta ja kiitää Normandyn kyydissä kohti Ilosta.

Kapinallinen sankarijoukkio saapuu planeetalle aavistuksen myöhässä, sillä Saren on jo etenemässä kohti päämääräänsä. Karkulainen latoo Shepardin tielle hidastavia esteitä. Takaa-ajajat törmäävät kuitenkin prothealaiseen Vigil-tekoälyyn, joka selostaa lisää muinaisten muukalaisten kohtalosta. Lukuisat prothealaiset olivat selvinneet konerodun hyökkäyksestä 50 000 vuotta sitten Iloksella, mutta se ei ollut tarpeeksi sivilisaation pelastamiseen. Planeetalle rakennetun Conduitin oli tarkoitus toimia takaporttina Citadeliin. Kaukana galaksien välisessä avaruudessa väijyvät reaperit nimittäin tapaavat yllättää avaruusasemalle asettuneet sivilisaatiot aktivoimalla Citadeliin piilotetun jättimäisen, tähtienväliseen matkustukseen tarkoitetun väliaseman. Prothealaiset onnistuivat kuitenkin estämään portin avaamisen etänä, joten Sovereign joutui turvautumaan Sarenin manipuloimiseen. Nyt Vigil puolestaan antoi Shepardille avaimet Citadelin järjestelmien hallitsemiseen. Hänen täytyy enää vain ehättää varoittamaan aseman väkeä ajoissa.

Shepardin ja Sarenin välinen leikki kissana ja hiirenä jatkuu, kun komentaja joukkioineen puskee geth-puolustusten läpi ja taikaportin kautta keskelle taistelukentäksi muuttunutta Citadelia. Sovereign pommittaa avaruusasemaa ja sitä uljaasti puolustavia joukkoja, mutta koneet ovat murskaavan ylivoimaisia. Samanaikaisesti Saren tekee myyräntyötään Citadelin sisuksissa. Shepard taasen raivaa tietään kohti neuvoston päämajaksi omistettua tornia. Linnakkeen suojaavat ”käsivarret” suljetaan, mutta Sovereign onnistuu kirjaimellisesti jyräämään tiensä avaruusaseman hellään syleilyyn. Kilpikonnapuolustus kääntyykin neuvoston joukkoja vastaan.

Shepard ja Saren kohtaavat jälleen neuvoston tornissa. Tällä kertaa intensiivinen jutustelu ei kuitenkaan välttämättä johda tulitaisteluun. Saren pyrkii jälleen perustelemaan valintojaan ja asemaansa, mutta todellisuudessa hänen äänellään puhuu Sovereign. Mikäli Shepardin vakaumus on tarpeeksi vahva, onnistuu hän puhumaan Sarenin tarttumaan aseeseensa ja riistämään oman henkensä. Kohtaamisen jälkeen Shepard avaa Citadelin suojaavan kuoren, ja samanaikaisesti ihmiskunnan ratsuväki saapuu paikalle Normandyn johdolla. Komentajan täytyy kuitenkin päättää, kohdistetaanko apuvoimat neuvoston pelastamiseen vai suoraan Sovereignin kurittamiseen.

Sovereignin ote Sarenista ei kuitenkaan ollut pelkästään henkinen, vaan isäntä asennutti palvelijaansa myös fyysisiä implantteja, joiden avulla kätyri herää henkiin taistelemaan vielä kerran, joskin enemmän koneena kuin turiaanina. Tiukan tulituksen jälkeen Saren lyödään viimeisen kerran. Normandy puolestaan saa kriittisen osuman Sovereigniin, joka räjähtää näyttävien ilotulitteiden saattelemana. Mammuttimaisen aluksen osat lentävät ympäri Citadelin sisustaa. Yksi hyönteismäisen koneen raajoista leijuu kohti neuvostotornia ja murtautuu läpi seinämästä päin Shepardin tiimiä. Kapteeni Anderson rientää paikalle tarkistamaan tilanteen. Komentajan toverit löytyvät romun seasta epätoivoisina. He pyörittelevät päätään, kunnes Shepard nousee vielä kerran voittoisana raunioista.

Pelastuksesta haaveillaan

Sovereign on siis lyöty ja pysäyttämättömien reapereiden hyökkäystä viivytetty. Samalla ihmiskunta saa paistatella hetken muun galaksin suosiossa. Jossakin avaruuden syvyyksissä väijyy kuitenkin lisää, paljon lisää Sovereignin veroisia tappokoneita – tai siihen ainakin Shepard tiimeineen luottaa, mutta uskovatko muut samaan uhkaan? Ja jos uskovatkin, kuinka ihmeessä tuollaista lähes pysäyttämätöntä voimaa vastaan voi edes puolustautua?